试管婴儿的宫外孕发生率与正常受孕相同，都是1-2%，主要是由于胚胎的游走、输卵管绒毛运动反向或输卵管炎症后功能丧失引起。宫外孕通常发生在一侧输卵管里，有时也会出现在其他部位，如宫颈、卵巢、腹腔里。
虽然试管婴儿操作中胚胎是植入子宫内的，但是在移植后的前三天胚胎是游走的，有可能游到输卵管里安营扎寨成为宫外孕，概率大约有5%左右，甚至在移植两个胚胎的情况下发生一个宫内妊娠一个宫外妊娠的情况。特别是对于曾经发生过宫外孕的患者，试管婴儿宫外孕的比例也会增加。所以，做试管婴儿是不能避免宫外孕的，患者需要有心理准备。
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